В отборочном турнире стартовали 53 команды — все члены КАФ, за исключением Зимбабве. Эта сборная была исключена из турнира решением ФИФА за невыполнение контрактных обязательств перед тренером. В начале отбора было проведено два предварительных раунда с матчами на вылет по системе «дома и в гостях». Жеребьевка предварительных раундов прошла 25 июля 2015, матчи первого раунда состоялись с 5 по 13 октября 2015, второго раунда — с 9 по 17 ноября 2015. По их итогам в третий раунд вышли 20 команд — ДР Конго, Тунис, Гвинея, Ливия, Нигерия, Камерун, Алжир, Замбия, Кот-д’Ивуар, Габон, Марокко, Мали, Буркина-Фасо, ЮАР, Сенегал, Кабо-Верде, Египет, Уганда, Гана, Республика Конго. Ни одна команда из первого раунда до третьего не дошла.

Третий, основной раунд, представляет собой групповой турнир — 20 команд были разбиты на 5 групп, по 4 в каждой группе. Победители групп выходят в финальную часть Чемпионата мира. Жеребьевка группового турнира состоялась 24 июня 2016, матчи пройдут с 3 октября 2016 по 14 ноября 2017.