В отборочном турнире стартовали 53 команды — все члены КАФ, за исключением Зимбабве. Эта сборная была исключена из турнира решением ФИФА за невыполнение контрактных обязательств перед тренером. В начале отбора было проведено два предварительных раунда с матчами на вылет по системе «дома и в гостях». Жеребьевка предварительных раундов прошла 25 июля 2015, матчи первого раунда состоялись с 5 по 13 октября 2015, второго раунда — с 9 по 17 ноября 2015. По их итогам в третий раунд вышли 20 команд — ДР Конго, Тунис, Гвинея, Ливия, Нигерия, Камерун, Алжир, Замбия, Кот-д’Ивуар, Габон, Марокко, Мали, Буркина-Фасо, ЮАР, Сенегал, Кабо-Верде, Египет, Уганда, Гана, Республика Конго. Ни одна команда из первого раунда до третьего не дошла.

Третий, основной раунд, представляет собой групповой турнир — 20 команд были разбиты на 5 групп, по 4 в каждой группе. Победители групп выходят в финальную часть Чемпионата мира. Жеребьевка группового турнира состоялась 24 июня 2016, матчи пройдут с 3 октября 2016 по 14 ноября 2017.

Турнирная таблица 3 раунда, группа А

# Команда М В Н П Заб Прп Разн О
1 DR Congo 2 2 0 0 6 1 5 6
2 Tunisia 2 2 0 0 3 0 3 6
3 Guinea 2 0 0 2 1 4 -3 0
4 Libya 2 0 0 2 0 5 -5 0

Турнирная таблица 3 раунда, группа B

# Команда М В Н П Заб Прп Разн О
1 Nigeria 2 2 0 0 5 2 3 6
2 Cameroon 2 0 2 0 2 2 0 2
3 Zambia 2 0 1 1 2 3 -1 1
4 Algeria 2 0 1 1 2 4 -2 1

Турнирная таблица 3 раунда, группа C

# Команда М В Н П Заб Прп Разн О
1 Ivory Coast 2 1 1 0 3 1 2 4
2 Morocco 2 0 2 0 0 0 0 2
2 Gabon 2 0 2 0 0 0 0 2
4 Mali 2 0 1 1 1 3 -2 1

Турнирная таблица 3 раунда, группа D

# Команда М В Н П Заб Прп Разн О
1 Burkina Faso 2 1 1 0 3 1 2 4
2 South Africa 2 1 1 0 3 2 1 4
3 Senegal 2 1 0 1 3 2 1 3
4 Cape Verde 2 0 0 2 0 4 -4 0

Турнирная таблица 3 раунда, группа E

# Команда М В Н П Заб Прп Разн О
1 Egypt 2 2 0 0 4 1 3 6
2 Uganda 2 1 1 0 1 0 1 4
3 Ghana 2 0 1 1 0 2 -2 1
4 Congo 2 0 0 2 1 3 -2 0